La baie du Mont-Saint-Michel, classée site du patrimoine mondial de l'UNESCO et zone de protection spéciale, accueille un écosystème diversifié. À marée basse, il sert de sanctuaire naturel à diverses espèces d'oiseaux comme les avocettes, les balbuzards et plus de 130 autres espèces d'oiseaux, y compris des espèces migratrices telles que les oies blanches et les canards siffleurs.
La baie est également riche en vie marine, offrant un habitat à de nombreuses espèces de poissons comme la daurade, la raie et le bar, et des observations estivales occasionnelles de phoques et de dauphins, suivant les courants chauds de l'Atlantique et observés près des côtes normandes, accompagnant souvent les bateaux de pêche.