De baai van Mont Saint-Michel, aangewezen als Unesco-Werelderfgoed en speciale beschermingszone, begeleidt een divers ecosysteem. Bij eb dient het als een natuurlijk toevluchtsoord voor verschillende vogelsoorten zoals kluten, visarenden en meer dan 130 andere vogelsoorten, waaronder trekvogels zoals kolganzen en smienten.
De baai is ook rijk aan zeeleven en biedt een habitat voor talloze vissoorten zoals zeebrasem, rog en zeebaars, en af en toe zie je in de zomer zeehonden en dolfijnen, die de warme Atlantische stromingen volgen en in de buurt van de Normandische kustlijn worden waargenomen, vaak samen met vissersboten.